Dicho programa se desarrolla en jornada sabatina y está dirigido a todos los bachilleres en teología y también a los profesionales en diferentes disciplinas, obviamente los profesionales tendrán que llevar un año de nivelación (9 materias) en el programa del Bachiller. Los maestrandos manejan las herramientas bíblico teológicas, exegéticas para su mejor competencia y reflexionan de manera más profunda, bien pensada sobre la teología como método y fuente para la resolución de conflictos. Para ello cursará 16 materias de 5 créditos cada uno en 2 años, de marzo a noviembre (a excepción de julio y diciembre) y graduará después de entregar una Tesis de 120 páginas. La Maestría es en Teología y podrá obtener su diploma con énfasis en AT, NT, Teología o Consejería, cursando 3 materias del énfasis de su elección desarrollado bajo tutoría de un docente. La Tesis tendrá las exigencias propias del nivel y con suficiente pulcritud académica.

El estudiante podrá ir a su ritmo, es decir habiendo completado los 16 cursos más la Tesis obtendrá su Maestría en Teología, y si quisiera lograr con énfasis en AT, NT, Teología o Consejería, la Tesis desarrollará las competencias del énfasis.